原「国立故宮博物院組織条例」が1986年12月31日に制定され、1987年1月16日に施行されてから既に20余年が経過した。このため、政府の組織改造と簡素化の原則に則り、および今後の業務の発展に鑑み、当博物院の組織条例を「故宮博物院組織法」と改め、全文を改正。総統による2008年1月16日華総一義字第09700003961号令の公布を受け、「旧国立北平故宮博物院および国立中央博物院籌備処の歴代古文物および美術品の整理、保管、展示、並びに古代中国文物と美術品の収集、研究、普及活動により社会的な教育効果を高める」を設置の主旨とし、引き続き行政院に隷属することとなった。
本院組織法および処務規則の規定により、院長一名、副院長二名、主任秘書一名を置き、その下に総合企画処、器物処、書画文献処、登録保存処、販売業務処、展示服務処、南院処、デジタル情報室、秘書室、人事室、主計室、政風室の計7処の5室を設置し、これら12の部門が故宮博物院の各種業務を担う。
内部各部門の分業（職掌）を定めるため、本院では処務規則を制定し、行政院の審査決定を経て、2008年3月13日に公布施行された、2021年2月1日に修正案が公布施行された。各部門の業務内容は以下の通りである。
一、施政方針、中期と年度施政計画、重要措置と政策、組織体制の検討、刷新変革の検討、協調及び企画。 二、博物館相互合作交流、資源の享受と整合性のある収集、評論分析及び検討。 三、研究考査、法制及び公共業務。 四、図書の管理及び閲覧サービス。 五、その他、総合企画に関する事項。
一、所蔵する器物の保存、管理、研究及び編目の作成 二、所蔵する器物の展覧の企画、展示と関連図録、出版物の著述と及び編纂。 三、所蔵する器物の学術交流。 四、所蔵する器物の徴集計画の立案及び執行。 五、その他所蔵する器物に関する事項。
一、所蔵する書画と古籍文献の保存、管理、研究及び目録の作成。 二、所蔵する書画と古籍文献の展覧の企画、展示と関連図録、出版物の著述及び編纂。 三、所蔵する書画と古籍文献の学術交流。 四、所蔵する書画と古籍文献の徴集計画の立案及び執行。 五、その他、所蔵する書画及び古籍文献に関する事項。
一、収蔵品の登錄及び徵集作業。 二、収蔵品の予防保全、修復及び科学研究。 三、北部院区の安全防護と災害救助、安全管制施設業務の企画、執行及び管理。 四、安全勤務の訓練管理、監督指導考査及び管轄区の憲兵や警察部門との協調連携。 五、その他、登録保存及び安全管理に関する事項。
一、出版物の研究開発、製作及び発行。 二、収蔵品の派生利用、創意の付加価値及び製品の研究開発、知的財産権の管理、授権及び権利侵害の救済。 三、製品の販売管理と故宮文物芸術発展基金販売業務の執行及び管理。 四、販売と教育推進活動の企画及び執行。 五、その他、販売業務推進に関する事項。
一、北部院区入場者へのサービスの企画と執行及びボランティアの訓練と管理。 二、北部院区と展示場の企画・設計及び関連施設の管理、維持。 三、北部院区展示場の安全の執行、維持、管理及び訓練。 四、その他、展示サービスに関する事項。
一、南部院区文物の保存、管理、研究、出版及び展覧。 二、南部院区文物の保存、維持及び徵集。 三、南部院区の教育推進活動と入場者へのサービスの企画、執行及びボランティアの訓練と管理。 四、南部院区の安全防護と災害救助、安全管制施設業務の企画、執行及び管理。 五、南部院区全体の営業、行政管理と修繕工事の企画及び執行。 六、その他、南部院区に関する事項。
一、情報基礎施設の企画、設置及び維持運営。 二、情報応用システムの企画、設置及び維持運営。 三、情報科学技術の創新應用模式の研究発展及び推進。 四、情報セキュリティの企画及び推進。 五、その他、デジタル情報に関する事項。
一、文書、ファイル、印章、出納、営繕、購入、庶務及び財産管理業務。 二、其他の各処、室の事項には属しません。