原「国立故宮博物院組織条例」が1986年12月31日に制定され、1987年1月16日に施行されてから既に20余年が経過した。このため、政府の組織改造と簡素化の原則に則り、および今後の業務の発展に鑑み、当博物院の組織条例を「故宮博物院組織法」と改め、全文を改正。総統による2008年1月16日華総一義字第09700003961号令の公布を受け、「旧国立北平故宮博物院および国立中央博物院籌備処の歴代古文物および美術品の整理、保管、展示、並びに古代中国文物と美術品の収集、研究、普及活動により社会的な教育効果を高める」を設置の主旨とし、引き続き行政院に隷属することとなった。
本院組織法および処務規則の規定により、院長一名、副院長二名、主任秘書一名を置き、その下に器物処、書画処、図書文献処、登録保存処、文創行銷処、教育展資処、南院処、安全管理室、秘書室、人事室、主計室、政風室の計7処の5室を設置し、これら12の部門が故宮博物院の各種業務を担う。
内部各部門の分業（職掌）を定めるため、本院では処務規則を制定し、行政院の審査決定を経て、2008年3月13日に公布施行された、2009年11月2日に修正案が公布施行された。各部門の業務内容は以下の通りである。
一、所蔵する器物の保存、管理、研究、目録の作成。 二、所蔵する器物の展覧の企画、展示および関連図録、出版物の著述と編纂。 三、所蔵する器物の国内外に於ける学術交流。 四、所蔵する器物の徴集計画の策定と執行。 五、その他所蔵する器物に関する事項。
一、所蔵する書画の保存、管理、研究、目録の作成。 二、所蔵する書画の展覧の企画、展示および関連図録、出版物の著述と編纂。 三、所蔵する書画の国内外に於ける学術交流。 四、所蔵する書画の徴集計画の策定と執行。 五、その他所蔵する書画に関する事項。
一、所蔵する図書文献の保存、管理、研究、目録の作成。 二、所蔵する図書文献の展覧の企画、展示および関連図録、出版物の著述と編纂。 三、所蔵する図書文献の国内外に於ける学術交流。 四、所蔵する図書文献の徴集計画の策定と執行。 五、その他所蔵する図書文献に関する事項。
一、本院所蔵品の登録および収集作業。 二、本院所蔵品の予防保存及び科学的研究。 三、本院所蔵品の修復と保護。 四、その他所蔵品の登録・保存に関する事項。
一、本院出版物の発行、知的財産権の管理、授権および権利侵害の救済。 二、本院所蔵品を活用した二次利用、二次創作とそれら商品の管理と販売。 三、本院所蔵品の図像、院内外の風景とイベントの撮影に関する業務の執行と管理。 四、故宮文物芸術発展基金に関する業務の執行と管理。 五、その他出版物と二次創作物の販売・管理に関する事項。
一、教育推進活動、観覧者へのサービスの企画と執行、ボランティアの訓練と管理。 二、本院と展示スペースに関する企画・設計および関連設備の維持と管理。 三、情報業務に関するソフト・ハード設備の研究、企画、維持と管理。 四、インターネットサービスの企画、設置、管理、維持、推進活動。 五、その他教育推進活動および展示、情報に関する事項。
一、南院文物の保存、管理、研究、出版、展覧。 二、南院文物の保存、維持と収集。 三、南院に於ける教育推進活動、観覧者へのサービスの企画と執行、ボランティアの訓練と管理。 四、南院全体の営業・行政管理、修繕計画と執行。 五、その他南院に関する事項。
一、本院の安全と防災、救急業務の企画、執行、管理。 二、本院の安全業務に関する訓練と管理、監督指導と審査、所轄警察署との連絡。 三、本院の安全管理設備の維持と管理。 四、その他安全管理に関する事項。
一、文書、印判、出納、修繕、調達、庶務、財産管理、研究考察、法制業務および外部への対応。 二、その他各処、室の職掌に属さない事項。
図書文献館閲覧室のようす
陳列室（大ロビー）