Das ursprüngliche "Organisationsstatut des Nationalen Palastmuseums" wurde am 31. Dezember 1986 verkündet und am 16. Januar 1987 in Kraft gesetzt, bestand also zwanzig Jahre. Abgestimmt auf die Vereinfachung des Verwaltungsapparats der Regierung und im Hinblick auf die Entwicklung des Aufgabenbereichs in der Zukunft wurde das Organisationsstatut in das "Organisationsgesetz des Nationalen Palastmuseums" umgewandelt und am 16. Januar 2008 vom Präsidenten unter der Aktennummer HuazongYiyiZidi 09700003961 verkündet. Das Nationale Palastmuseum ist Teil der Exekutive der Republik China und hat das Ziel, "die Artefakte und Kunstwerke, die ursprünglich dem Nationalen Palastmuseum Peking und dem Vorbereitungsbüro das Nationalen Zentralmuseums gehörten, zu verwalten, aufzubewahren und auszustellen. Darüberhinaus soll es weiter Kulturgüter und Kunstwerke aus dem chinesischen Altertum sammeln, erforschen und propagieren, um deren Bildungsfunktionen auszuweiten".
Entsprechend dem NPM-Organisationsgesetz und den Bestimmungen über die Aufgabenbereiche der Abteilungen verfügt das Nationale Palastmuseum über einen Museumsdirektor, zwei Vizedirektoren, einen Generalsekretär, eine Abteilung für Antiquitäten, eine Abteilung für Gemälde und Kalligrafien, eine Abteilung für Seltene Bücher und Historische Dokumente, eine Abteilung für Registrierung und Erhaltung, eine Abteilung für Kulturelle Kreativität und Marketing, eine Abteilung für Erziehung und Ausstellungsservice, eine Abteilung für das NPM-Museum in Südtaiwan, ein Büro des Sicherheitsmanagements, ein Sekretariat, ein Personalbüro, eine Buchhaltung und ein Büro für Beamtenethik, also insgesamt 12 Verwaltungseinheiten, nämlich 7 Abteilungen und 5 Büros.
In den Verordnungen über die Aufgabenbereiche der Abteilungen, die am 13. März 2008 vom Exekutiv-Yüan verkündet und am 2. November 2009 weiter abgeändert wurden, sind diese wie folgt festgelegt:
Leseraum in der Museumsbibliothek
Lobby des Hauptgebäudes