原「國立故宮博物院組織條例」於民國75年（1986）12月31日公布，76年1月16日施行，已歷20餘年；為配合政府再造組織精簡原則及因應未來業務發展需要，爰修正本院組織條例為「國立故宮博物院組織法」並修正全文，業奉 總統97年1月16日華總一義字第09700003961號令公布，以「整理、保管、展出原國立北平故宮博院及國立中央博物院籌備處所藏之歷代古文物及藝術品，並加強對中國古代文物藝術品之徵集、研究、闡揚，以擴大社教功能」為設置宗旨，隸屬於行政院。
依本院組織法及處務規程規定，本院置院長一人，副院長二人，主任秘書一人，下設綜合規劃處、器物處、書畫文獻處、登錄保存處、行銷業務處、展示服務處、南院處、數位資訊室、秘書室、人事室、主計室、政風室，共7處5室12個單位，分別掌理故宮各項法定職掌及相關業務。
【組織架構圖】
為處理內部單位之分工職掌，訂定本院處務規程，奉行政院核定於97年3月13日發布施行，並於110年2月1日修正發布施行在案。各單位職掌如下：
一、書畫與古籍文獻藏品之典藏、管理、研究及編目。 二、書畫與古籍文獻藏品展覽之策劃、布展與相關圖錄、出版品之撰寫及編輯。 三、書畫與古籍文獻藏品之學術交流。 四、書畫與古籍文獻藏品徵集計畫之擬訂及執行。 五、其他有關書畫及古籍文獻藏品事項。
一、藏品之登錄及徵集作業。 二、藏品之預防性保存、修護及科學研究。 三、北部院區安全防護與災害防救、安全管制設施業務之規劃、執行及管理。 四、安全勤務之訓練管理、督導考核及與轄區憲警單位協調聯繫。 五、其他有關登錄保存及安全管理事項。
一、出版品研發、製作及發行。 二、藏品衍生利用、創意加值及產品研發；智慧財產權之管理、授權及權利侵害之救濟。 三、產品銷售管理與故宮文物藝術發展基金銷售業務之執行及管理。 四、行銷與教育推廣活動之規劃及執行。 五、其他有關行銷業務推廣事項。
一、北部院區觀眾服務之規劃與執行及志工之訓練管理。 二、北部院區與展場之規劃設計及其相關設施之管理、維護。 三、北部院區展場安全之執行、維護、管理及訓練。 四、其他有關展示服務事項。
一、南部院區文物之典藏、管理、研究、出版及展覽。 二、南部院區文物之保存、維護及徵集。 三、南部院區教育推廣活動與觀眾服務之規劃與執行及志工訓練管理。 四、南部院區安全防護與災害防救、安全管制設施業務之規劃、執行及管理。 五、南部院區整體營運、行政管理與營繕工程之規劃及執行。 五、其他有關南部院區事項。
一、資訊基礎設施之規劃、建置及維運。 二、資訊應用系統之規劃、建置及維運。 三、資訊科技之創新應用模式研發及推廣。 四、資通安全之規劃及推動。 五、其他有關數位資訊事項。
一、文書、檔案、印信、出納、營繕、採購、庶務及財產管理業務。 二、不屬其他各處、室事項。